Kiểm toán nhà nước kiến nghị Thuế tỉnh Khánh Hòa chấn chỉnh các sai sót trong thanh tra, kiểm tra thuế

Tỷ lệ doanh nghiệp chọn kiểm tra chưa đảm bảo yêu cầu tối thiểu

Kiểm toán nhà nước cho biết, giai đoạn 2023-2025, công tác quản lý thuế chịu tác động đồng thời của việc triển khai các chính sách miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế quy mô lớn và quá trình sắp xếp, tổ chức lại bộ máy ngành Thuế theo mô hình mới. 

Về cơ bản, Thuế tỉnh Khánh Hòa đã thực hiện công tác quản lý nhà nước theo quy định của Luật quản lý thuế, các luật thuế và các văn bản pháp luật khác có liên quan về hoàn thuế, miễn, giảm, gia hạn thuế. Việc thực hiện các chính sách miễn, giảm, gia hạn thuế, hoàn thuế đã tác động tích cực đến hoạt động của doanh nghiệp, hỗ trợ người nộp thuế vượt qua giai đoạn khó khăn, góp phần cùng cả nước hoàn thành mục tiêu ổn định và phát triển kinh tế - xã hội.

Tuy nhiên, qua kiểm toán cho thấy, công tác thanh tra, kiểm tra thuế; miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế; hoàn thuế giá trị gia tăng còn một số tồn tại cơ bản cần khắc phục:

Đối với công tác lập kế hoạch kiểm tra tại trụ sở Cơ quan thuế, KTNN chỉ rõ: Tỷ lệ doanh nghiệp chọn kiểm tra chưa đảm bảo yêu cầu tối thiểu theo quy định của Tổng cục Thuế; giao nhiệm vụ kiểm tra tại trụ sở Cơ quan thuế chậm so với quy định của Tổng cục Thuế; chưa xây dựng kế hoạch kiểm tra đối với người nộp thuế thuộc trường hợp giám sát trọng điểm theo quy định.

Về công tác lập kế hoạch thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, báo cáo kiểm toán cho hay, đề xuất nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra chậm so với hướng dẫn của Cục Thuế (Văn phòng Thuế tỉnh); lập kế hoạch chưa lựa chọn người nộp thuế sắp xếp theo mức độ rủi ro, chưa ưu tiên các doanh nghiệp có rủi ro cao theo quy định; chuyển một số người nộp thuế tồn chưa kiểm tra năm trước vào kế hoạch năm 2023 chưa phù hợp với hướng dẫn của Tổng cục Thuế (Thuế cơ sở 4).

Về kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế, KTNN cho biết, chưa lập danh sách người nộp thuế có rủi ro cao và thực hiện bước 2 theo tiết b điểm 1.3 Mục II Phần II Quy trình kiểm tra thuế ban hành kèm theo Quyết định số 970/QĐ-TCT; không thực hiện báo cáo Lãnh đạo bộ phận kiểm tra thuế trình Thủ trưởng cơ quan thuế phê duyệt lưu hồ sơ giải trình, thông tin, tài liệu bổ sung cùng hồ sơ thuế đối với trường hợp giải trình lần 2 chứng minh số tiền thuế đã khai là đúng.

Về hồ sơ thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, kết quả kiểm toán cho thấy, ghi chép nhật ký kiểm tra không đầy đủ; lập biên bản kiểm tra còn chậm theo quy định; lập chung biên bản xác nhận số liệu; biên bản chưa viện dẫn đầy đủ căn cứ pháp lý theo hướng dẫn; nhật ký kiểm tra thuế không ghi chi tiết kết quả đã kiểm tra các nội dung phân tích rủi ro; công bố quyết định kiểm tra chậm, chưa lưu trữ đầy đủ hồ sơ kiểm tra, chưa cập nhật đầy đủ thông tin, kết quả kiểm tra vào ứng dụng hỗ trợ thanh tra, kiểm tra thuế; chỉ ban hành Thông báo ấn định, không ban hành Quyết định ấn định thuế theo Mẫu số 01/AĐT(Thuế cơ sở 2).

Kiểm toán nhà nước chỉ rõ: Tiếp nhận giải quyết khiếu nại chậm, thời gian giải quyết khiếu nại vượt quy định tại Điều 28 Luật Khiếu nại 2011; chưa thực hiện công khai kết quả giải quyết khiếu nại theo quy định; chậm thực hiện cưỡng chế đối với người nộp thuế có số tiền phải nộp qua kiểm tra thuế.

Đáng chú ý, qua kết quả giám sát và thu thập thông tin do cơ quan thuế cung cấp, Kiểm toán nhà nước phát hiện 05 doanh nghiệp (Công ty TNHH Phú Gia Khang PT, Công ty TNHH Tư vấn, thương mại và xây dựng MC2, Công ty TNHH Nguyễn Nhật Nguyên HF VN Trade, Công ty TNHH Nguyễn Tấn Sang VN, Công ty TNHH Sáu Chương) có dấu hiệu rủi ro thực hiện hành vi vi phạm pháp luật về thuế như: doanh thu lớn, phát sinh thuế thấp hoặc bán hàng không lập hóa đơn, không kê khai thuế, nộp hồ sơ thuế; giao dịch mua bán với các doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh; báo cáo tài chính không thể hiện có tài sản cố định, hàng tồn kho; dòng tiền giao dịch bất thường với số hàng chục nghìn lượt, tổng số tiền hàng trăm tỷ đồng trong thời gian ngắn (theo xác nhận sao kê của các ngân hàng nơi doanh nghiệp mở tài khoản giao dịch)...

Công tác miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế còn bất cập

Kết quả kiểm toán cũng cho thấy, Văn phòng Thuế tỉnh Khánh Hòa ban hành quyết định giảm tiền thuê đất chậm so với quy định tại các Quyết định số 01/2023/QĐ-TTg ngày 31/01/2023, Quyết định số 25/2023/QĐ-TTg ngày 03/10/2023, Nghị định số 87/2025/NĐ-CP ngày 11/04/2025, Nghị định số 230/2025/NĐ-CP ngày 19/08/2025 đối với 404 hồ sơ; đồng thời kê khai giảm thuế giá trị gia tăng 24,9 triệu đồng đối với hàng hóa dịch vụ thuộc danh mục không được giảm thuế giá trị gia tăng theo quy định.

Về công tác hoàn thuế giá trị gia tăng, KTNN nêu rõ: Văn phòng Thuế tỉnh, Thuế cơ sở 4 chậm giải quyết hoàn thuế theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế 2019; còn một số hồ sơ hoàn thuế có phát sinh hóa đơn đầu vào của các doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh chưa được kiểm tra, rà soát theo quy định; có 02 hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng kê khai thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được giảm thuế suất từ 10% xuống 8% theo các Nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ.

Cùng với đó, phương án phân công cơ quan thuế quản lý trực tiếp trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa đang thực hiện theo các văn bản cũ (văn bản số 5298/CT-KKKTT ngày 29/9/2017 của Cục thuế tỉnh Khánh Hòa (đối với địa bàn thuộc tỉnh Khánh Hòa cũ) và Quyết định số 1158/QĐ-CT ngày 28/10/2021 của Cục thuế tỉnh Ninh Thuận (đối với địa bàn thuộc tỉnh Ninh Thuận cũ)) nên có những nội dung không còn phù hợp quy định tại Quyết định số 1376/QĐ-CT ngày 30/6/2025 và Quyết định số 1378/QĐ-CT ngày 30/6/2025 của Cục Thuế ((về tên cơ quan thuế quản lý vẫn đang để tên cũ (Cục thuế, Chi cục thuế) thay vì tên mới (Thuế tỉnh, Thuế cơ sở); giữa hai phương án có nguyên tắc và tiêu thức phân công quản lý doanh nghiệp ngoài quốc doanh khác biệt (Thuế cơ sở thuộc địa bàn tỉnh Khánh Hòa cũ quản lý doanh nghiệp có quy mô kinh doanh với vốn điều lệ dưới 30.000 triệu đồng, trong khi Thuế cơ sở thuộc địa bàn tỉnh Ninh Thuận cũ quản lý doanh nghiệp có quy mô kinh doanh với vốn điều lệ dưới 10.000 triệu đồng)), chưa thực hiện phân công cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định tại Điều 2 Quyết định số 938/QĐ-CT ngày 30/6/2026 của Cục Thuế về ban hành quy định phân công quản lý người nộp thuế, khoản thu đối với cơ quan thuế các cấp thuộc Cục Thuế.

Chấn chỉnh, rút kinh nghiệm và xử lý theo quy định

Qua kết quả kiểm toán, Kiểm toán nhà nước kiến nghị Thuế tỉnh Khánh Hòa và các Thuế cơ sở: 

Thứ nhất, chấn chỉnh, rút kinh nghiệm đối với các hạn chế, sai sót trong công tác thanh tra, kiểm tra thuế; công tác miễn, giảm thuế, giảm tiền thuê đất và hoàn thuế giá trị gia tăng theo kết quả kiểm toán.

Thứ hai, thực hiện kiểm tra, rà soát, xử lý theo quy định: Các trường hợp người nộp thuế kê khai giảm thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa dịch vụ thuộc danh mục không được giảm thuế giá trị gia tăng; các trường hợp hoàn thuế có phát sinh hóa đơn đầu vào của các doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ kinh doanh chưa được kiểm tra, rà soát; các trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng kê khai thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được giảm theo các nghị quyết của Quốc hội và Chính phủ.

Thứ ba, Thuế tỉnh Khánh Hòa chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan rà soát và ban hành văn bản mới về phân cấp quản lý người nộp thuế để thay thế các quy định cũ không còn phù hợp và tương thích với mô hình tổ chức chính quyền hai cấp hiện nay./.